Mars 2011, à la suite d'un tremblement de terre et d'un tsunami, le Japon connaît une catastrophe nucléaire dans précédent.
La zone radioactive autour de la centrale est évacuée, perdue pour l'être humain. Naoto Matsumura, fermier, brave l'interdit et retourne chez lui pour ne pas laisser mourir ses bêtes.
Dès lors, il va prendre soin de tous les animaux abandonnés. Au pèril de sa vie, il va devenir...le gardien de Fukushima.