Années 2010 . Dans la jungle bolivienne, un commando de l'armée américaine traque les membres d'une expédition atteints d'un mystérieux virus... Au Texas, deux agents du FBI persuadent un condamné à mort de participer, en compagnie de onze autres prisonniers, à une expérience scientifique ultra secrète. Près d'un siècle plus tard. Une communauté a réchappé à l'apocalypse causée par l'invasion dévastatrice de mutants qui ont plongé le monde dans le chaos. Un jour, une jeune fille silencieuse et énigmatique se présente à la porte de la Colonie. Elle paraît à peine quatorze ans, mais elle en a plus de cent...